A DE KK Klinikai Gyógyszertárának jogelődje 1924. április 1-én kezdte meg működését a Bocskai téri DEMKE épületében. Feladata szerint a klinikák és elméleti beteg intézetek mellett a Horthy Miklós Közkórház gyógyszer és vegyszerszükségletét is hivatott volt ellátni, napi 800 beteg-létszám mellett.
Napjainkban a gyógyszertár három szintes épületben, 1580 m2-en működik a KK I. telephelyén, amely 2001. őszén került átadásra, és 1704 beteg számára biztosítja a gyógyító-megelőző tevékenység keretén belül a biztonságos, szakszerű, folyamatos és gazdaságos gyógyszerellátást, valamint a gyógyszerek alkalmazásához szükséges információkat a fekvőbeteg ellátó egységek számára.
A gyári és magisztrális gyógyszerkészítmények megrendelése (készítése), tárolása, elosztása és ellenőrzése mellett, az intézeti gyógyszertár feladata a kötszerek, gyógygázok, gyógytápszerek, radioaktív készítmények, vérkészítmények, szerobakteriológiai szerek, diagnosztikumok és a gyógyszeralapanyagok beszerzése is.
A fenti alaptevékenységek mellett a gyógyszertár munkatársai az Ortopédiai Klinikán betegágy melletti gyógyszerészi tanácsadást is végeznek. A gyógyszertár másik szaktevékenysége 2016. szeptemberétől az onkológiai betegellátásban kiemelkedő szerepet betöltő szoftver támogatott citosztatikus keverékinfúziók készítése. Az utóbbi évek megváltozott jogszabályi környezetének megfelelően az intézet részt vesz a hepatitiszes és hemofíliás ambuláns betegek „különkeretes” gyógyszereinek beszerzésében és azok expediálásában, valamint a nagy értéket képviselő „tételes finanszírozású” gyógyszerek logisztikai folyamataiban, adminisztrációjában.
Mindezek mellet a napi rutin része a graduális és posztgraduális gyógyszerészképzésben való részvétel, így számos államvizsgás hallgató és szakgyógyszerész jelölt tölti itt kötelező kórházi-klinikai gyógyszerészi gyakorlatát.